乙肝疫苗三合一注射和三针分别注射的区别在于不良反应发生率多，而且不良反应严重，另外免疫效果不如三针分别注射的效果好。
由于三合一的乙肝疫苗是将三针乙肝疫苗合为一次注射，三针乙肝疫苗分别是20μg一针，而合为一针则成为一次注射60μg，因此其诱发的乙肝疫苗不良反应发生率和不良反应的严重程度皆较高。但是注射完以后，所产生的疫苗效果是不如三针所发生的免疫效果好，其引起人体所出现表面抗体也较低，而且表面抗体持续时间较短，所以提倡乙肝疫苗进行三针注射。
在0、1、6个月的时候，提倡成人分别注射20μg重组酵母乙肝疫苗，儿童分别注射10μg重组酵母乙肝疫苗。而三合一的乙肝疫苗的应用于特殊情况，例如需要快速刺激人体产生表面抗体，而且缺乏注射三针乙肝疫苗时间，才可以应用三合一的乙肝疫苗。
