由于目前技术与设备的发展，很多从前需要做角膜移植的圆锥角膜，现可以不需要通过角膜移植来采取治疗。现在将角膜胶原交联技术和角膜硬性接触镜技术相结合，可以控制早期圆锥角膜的发生和发展，能够使大部分圆锥角膜在相当长的时间内保持稳定。目前只有到完成期的圆锥角膜或角膜突发后弹力层破裂、角膜水肿引起严重视力下降时，才考虑做角膜移植。
如果角膜的后弹力层完整，可以用深板层尤其是大气泡辅助的深板层角膜移植术完成。这样可保留病人角膜的内皮层，手术以后排斥反应的发生率非常低。如果是角膜后弹力层破裂，或角膜瘢痕比较重、比较深，这时只能通过穿透性角膜移植控制圆锥角膜。
与其它疾病的治疗方式的不同在于，大部分圆锥角膜可以通过深板层角膜移植控制，少量可以用穿透性控制，而且由于其不是炎症性反应，而是变性性疾病，术后排斥几率相比其它疾病低很多。
