肛瘘绝对不会自愈，只要明确诊断是肛瘘，患者必须进行手术治疗。除非诊断上没有明确为肛瘘，可能是肛周感染误诊成肛瘘，手术是治愈肛瘘的唯一手段。但有些肛瘘时间久也可发生癌变，所以肛瘘患者必须行手术治疗。

手术前最好能明确肛瘘的窦道位置以及内口位置，可以通过核磁共振以及肛周B超，或者腔内彩超明确窦道位置以及内口位置，对手术帮助较大，会减少手术后的复发情况。