原发性肝癌晚期转移最常见的器官是肺，其次是骨和脑。肝癌肺部转移的表现形式较多，一般是比较多发的病灶，也有可能是孤立性转移灶。从目前的治疗方法而言，如果发生了肺部转移，可以进行分子靶向治疗，比如应用索拉非尼、仑伐替尼。从临床治疗经验而言，通过分子靶向治疗，肺部的转移灶可以得到很好的控制。
除了肺部转移，还有比较常见的骨转移。骨转移会引起骨头局部疼痛，甚至可以明确触及到肿块。如果患者的疼痛很严重，可以通过放疗达到解除疼痛的目的；如果是为了维持骨头的结构功能，还可以通过骨水泥的填充以达到治疗的目的。
此外，肝癌还可发生脑转移，但相对比较少见。
