胃大部切除或全胃切除术后根据并发症发生时间，可以分为近期并发症和远期并发症。胃切除术后近期并发症多与手术操作有关，如术后出血、吻合口破裂、吻合口瘘、急性输入袢或输出袢梗阻、胃排空障碍等。远期并发症大多是因为胃切除术后胃容量减小，术中迷走神经被切断，引起术后胃肠道功能运动紊乱，迷走神经损伤以后神经内分泌功能受损，胃内呈现低酸或无酸状态，以上原因都可以导致消化吸收功能障碍。

术后胆汁胰液反流会加重肠胃或食管黏膜损伤。尤其贲门部位近端胃切除后，由于失去贲门抗反流保护机制，可以引起严重烧心，部分患者甚至不能平卧入睡，胃切除术后10-15年残胃癌变率较高。