切除扁桃体，通常对机体没有明显影响。如果扁桃体炎反复发作，医生通常建议进行扁桃体切除，部分患者以及患儿的家属，可能对扁桃体切除对身体的影响，有一定的心理负担。扁桃体是身体的免疫器官，存在一定的免疫功能。但是如果扁桃体炎反复发作、较为频繁，扁桃体内的淋巴细胞已经存在较少，多数被细菌菌落或者团块取代，所以扁桃体已经成为扁桃体炎的病灶，扁桃体的免疫功能已经完全丧失。
如果机体抵抗力下降，病灶可能导致扁桃体炎急性发作。所以这时切除成为病灶的扁桃体，不会对机体免疫力产生特殊影响，反而对机体有利。但是如果在4岁以前，扁桃体对全身免疫系统的建立，具有重要的意义，这时通常不建议进行扁桃体切除。
