手足口病疫苗对于低龄儿童，尤其是五岁以下的儿童，有必要注射。五岁以下儿童是手足口病发病的高危人群，手足口病人群中，患病严重程度不同，大部分是轻症，但是因为小部分患者会出现比较严重的病变，比如心肌炎、脑膜炎，甚至有的会导致生命危险。

从手足口病的预防角度出发，手足口病疫苗有预防意义。手足口病疫苗主要针对肠道病毒EV71型，并不是所有导致手足口病疫苗的病毒感染，都可以通过疫苗预防，即便注射了手足口病疫苗，仍然还有可能会发生手足口病。