妇科进行巧克力囊肿手术，即卵巢子宫内膜异位囊肿手术之后，卵巢功能大部分会保留。卵巢巧克力囊肿实际是卵巢的子宫内膜异位囊肿，是因为子宫内膜异位到了卵巢的位置。卵巢在分泌激素水平的作用下，能让子宫腔里的子宫内膜发生周期性增殖以及周期性的剥脱出血，子宫内膜异位长进卵巢，也可能会发生周期性的剥脱出血。卵巢如果发生周期性的剥脱出血，不像子宫颈、阴道有一个孔隙让积血排出去，血液会积存在卵巢内，随着时间延长卵巢内囊肿里的血液会变得越来越黏稠，颜色也会越来越深，逐渐接近深褐色，类似于巧克力的颜色，所以卵巢子宫内膜异位囊肿就被称为巧克力囊肿。

巧克力囊肿的囊液对于卵巢皮质会产生一定的刺激以及破坏，所以建议巧克力囊肿的患者应及时进行手术治疗。但是在手术治疗的时候，考虑到巧克力囊肿的患者大多是生育年龄的女性，甚至很多没有完成生育使命，所以保护她们的卵巢功能是重中之重。在进行卵巢手术的时候，通常会尽可能的保护正常卵巢皮质，因为卵巢皮质里面有众多未完全处于发育状态中的卵泡，所以保留较多的卵巢皮质，意味着保留较多的卵巢功能。大多数的情况下在巧克力囊肿手术手术之后，卵巢功能其实是正常状态。

手术过程中手术的切割、剥离、缝合、止血或者电凝止血可能会对卵巢皮质造成一定破坏，巧克力囊肿囊液本身对于卵巢皮质也会造成一定的破坏。如果是巧克力囊肿特别严重，对周围的卵巢以及脏器造成了特别严重的影响，那么可以不考虑保留生育功能，围绝经期的女性可以考虑进行双侧附件切除。