肛瘘治疗时间以早期最佳，肛周出现肛周脓肿，形成肛瘘，患者身体条件允许，应及时手术，此时治疗效果最佳且不易复发。肛瘘手术目前以切开引流或肛瘘切除术为主，治疗及时，根治手术彻底，患者愈后复发率较低；反之，忽视病情，拖延治疗，炎症侵犯范围扩大，形成复杂性肛瘘或高位肛瘘，则会加大治理难度，无法达到好的治理效果。