小儿缺铁性贫血的发病原因如下：

1、先天性铁储存不足：多见于早产儿、双胎、低体重儿，在母体内储存铁不足，出生后未得到及时补充，即可出现铁缺乏；

2、母乳喂养的婴儿，母乳中铁含量较少，也可造成缺铁性贫血；

3、膳食不均衡导致营养不足或食物中含铁量较少；

4、小儿生长发育迅速，未及时添加富含铁的食物；

5、由于食物过敏、肠道黏膜破损、寄生虫感染、月经过多等导致铁丢失过多。