患者直肠超声检查时，会有一些痛苦，但是多数患者可以接受。男性经直肠超声检查，是检查膀胱、前列腺，女性有未婚不能采用经阴道检查，或由于阴道大量出血，或者其它原因不能经阴道检查的患者，又必须要经腔内看得更加清楚，这时就采用经直肠的检查方法。
无论是男性，还是女性经直肠检查时，都会在探头涂有足够的耦合剂，探头会用避孕套来保护好，涂抹足够的耦合剂，使得探头跟患者的直肠壁接触时，有充分润滑的过程，逐渐缓慢地将探头置入直肠中，这个过程中可能会有不适，患者需要做深呼吸放松来进行配合，从而可以很快完成探头插入过程，能够得到很好的检查结果。
对于某些患有痔疮或肛门狭窄的患者，检查过程可能会比较困难，如果患者不能进行检查，应该及时跟医生沟通避免不必要的损伤。
