药物流产的过程会疼，通常发生于服用米索前列醇的当天。药物流产时需要应用米非司酮，该药可使孕囊失去活性，并与子宫内膜出现分离。大部分女性在口服米索前列醇后1-2小时，出现子宫收缩，进而感觉到疼痛，如同痛经。部分女性对疼痛较敏感，可能会感觉到疼痛较剧烈。子宫收缩会促使宫腔内的蜕膜及孕囊排出，女性在疼痛后会出现阴道出血，出血量类似月经，甚至更多。当孕囊及蜕膜完整排出后，女性的疼痛程度会减轻。

而部分较敏感的女性服用米非司酮后也会出现少量阴道出血，甚至出现宫缩、腹部疼痛等症状。