肛瘘主要来源于肛周脓肿，而肛周脓肿大部分是由肛腺感染引起的。肛腺开口于肛窦，一个人一般有6-8个肛窦，每一个肛窦都可能因粪渣堵塞、肛腺引流不畅，导致肛周脓肿、破溃以后进而形成肛瘘。所以肛瘘治愈后并不代表不会再发生肛瘘，其它的肛窦也可能发生感染导致肛瘘。肛瘘手术若未处理好内口，一般都会复发，往往会发生在原部位，若肛门其它部位发生肛瘘，即其它的肛窦感染，则不叫复发，而叫再发，但是有一个例外，即婴幼儿肛瘘有自愈的可能。
一些肛瘘的患者手术以后数月或者数年以后，其它部位又发生肛瘘，往往会怪罪或者埋怨手术医生没给他彻底治好，术后又复发。由于肛瘘瘘管管腔走行比较复杂，具有不可预知性，没有任何一个医生可以术前保证能够给你完全做好，肯定100%不会复发。所以大家要取消这样一些误区，不要一遇到情况就埋怨大夫没给做好。
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