益生菌多用于肠道菌群失调的患者。临床建议餐后0.5-1小时服用益生菌为佳，此时机体达到饱腹感，胃酸分泌有所减少，加之食物停留在胃中可中和胃酸，胃内pH值可有所提高，这样可大大减少胃酸对益生菌的破坏。

服用抗生素的患者，建议服用抗生素用后2-3小时后再服用益生菌较合适，因为这样可避免抗生素在杀死有害菌的同时杀死益生菌。服用益生菌的水温最好不要超过37℃，以避免高温导致益生菌死亡从而影响疗效。