一般怀孕以后发现卵巢囊肿，这时候根据囊肿的大小进行分析。如果囊肿比较小，临床上不考虑是恶性的情况，可以暂时不做处理，但是囊肿较大，还是建议在怀孕3个月以后，手术将囊肿去除。

因为比较大的囊肿，在子宫增大以后，位置会发生改变，有可能出现并发症，比如出现囊肿扭转，甚至有的还可能出现囊肿破裂。不管是囊肿扭转，还是囊肿破裂，都是一种急腹症的情况，会出现突然的下腹疼痛，恶心、呕吐、发烧等比较急的情况，处理起来非常麻烦。

在怀孕以后发现病理性囊肿，处理一般要等到3个月以后。因为在3个月之前，胚胎种植并不是很结实，如果要是做手术，容易出现流产的情况，所以处理应该是在怀孕3个月以后。