中医治疗胃肠功能紊乱较有优势，如治疗功能性消化不良、功能性便秘、功能性腹泻等。
以功能性消化不良为例，表现为上腹部饱胀疼痛、餐后不适，西医方面会食用促进胃蠕动的药进行治疗，有胃痛、反酸、烧灼样疼痛的病人，可能还会加用抑制胃酸分泌的药物，只对部分病人产生不错的效果。
对于效果不好的病人，可以用中药进行辨证施治，如与情绪有关的病人，出现肝胃不和、肝郁气滞等，可以进行疏肝和胃、理气消胀治疗，给予柴胡疏肝散、四逆散、逍遥丸等，效果显著。
部分年老体衰、脏腑功能不足、大病久病之后的病人，会出现脾虚气滞、胃胀、早饱、胃脘部疼痛等消化不良表现，需要健脾益气、和胃消胀的方法治疗。对脾虚气滞的病人，可以用香砂六君子汤、陈夏六君子汤治疗，也会有很好的效果。
