幽门螺杆菌感染阳性往往提示体内存在幽门螺杆菌的感染，如果没有特殊禁忌症，可以选择根除幽门螺杆菌，但也并不是全部患者均需根除幽门螺杆菌。对于高危人群，如存在胃癌家族史的人群、萎缩性胃炎、糜烂性胃炎、消化性溃疡，或者是曾经胃部做过手术，存在残胃炎，以及既往患有胃早癌或胃黏膜相关性淋巴瘤的患者均应根除幽门螺杆菌。如果患者长期服用阿司匹林、氯吡格雷等存在胃黏膜损伤副作用的药物，也应根除幽门螺杆菌，防止多重致病因素对胃黏膜产生刺激。
但如果没有上述危险因素，并且患者年龄较大，在没有症状时，应用根除幽门螺杆菌的抗生素有可能会诱发抗生素相关性腹泻、伪膜性肠炎，从而导致难治性腹泻，甚至大便带有黏液、脓血。根除幽门螺杆菌推荐四联疗法，即两种抗生素、质子泵抑制剂、铋剂，并且建议在医生指导下明确是否需要根除幽门螺杆菌。
