通常拔牙一定要拔净牙根，因为剩余的牙根内部有牙神经，牙根拔不干净，术后将出现疼痛。牙神经暴露在拔牙窝内，如果残存牙根比较长，内部神经残存也比较长，此时容易出现术后残髓炎，即残存的牙神经发炎，会出现残根疼痛。此外，牙根拔不干净，容易出现拔牙窝感染，或者是拔牙窝不愈合。
但是有少数情况，可以保留一点牙根，但前提是牙根尖没有炎症，通过术前X线检查可确定。剩余牙根不超过3mm，此时可以不拔，牙根离重要结构特别近，拔除时风险比较高，也可以先不拔得比较干净。可根据术后有无反应而定，如果没有反应可以不全部清除，如果有不良反应，再进行二次手术将其拔除干净。
