肛瘘发作后应进行以下治疗：

1、切开引流：肛瘘发作期应及时切开引流，排出脓液，给予消炎等对症处理；

2、肛瘘切开术：肛瘘发作期症状较轻者，可一次性将全部瘘管切除，避免二次手术的痛苦；如肛瘘发作期症状较严重，应先给予消炎、换药等治疗，3个月后瘘管形成时再进行二期手术，以完整切除瘘管，避免复发。