目前全世界范围内公认治疗肛瘘最好的方法是手术治疗，手术方式较多，针对不同类型的肛瘘，应采取不同的手术方式。另外药物疗法一般只针对体质虚弱及中老年人、儿童等患者，只是短期对症处理，不能从根本上解决肛瘘感染问题，所以治疗肛瘘首选手术疗法。