三岁小孩发烧39°C时可以选择药物退烧和物理降温：

1、物理降温：可以采用温水擦浴，用冷毛巾或冰袋敷额头等方法；

2、药物降温：可以选择药物降温，如布洛芬、对乙酰氨基酚。布洛芬是强效退烧药，使用布洛芬后会迅速出汗，要注意及时补充水分。蚕豆病宝宝推荐使用布洛芬退烧，不推荐使用对乙酰氨基酚退烧，对乙酰氨基酚相对比较安全，适用于三个月以上的小孩以及成人。

如果未发生持续高热不退的症状，尽量选择一种退烧药退烧，不到迫不得已，不可将布洛芬和对乙酰氨基酚交替使用，以免增加药物副作用。