肛瘘手术的费用目前无统一标准，与肛瘘复杂程度、手术方式、手术材料、所在地区、医院等有关。单纯性肛瘘可门诊治疗，手术费用大概在100-200元；复杂性肛瘘需住院治疗，且住院时间较长，治疗费用在5000-6000元左右；如复杂性肛瘘行微创手术，治疗费用在10000元左右。应在医生指导下根据自身病情选择适合的手术方式。