腺肌症最本质的发病原因是由于子宫内膜的腺体，以及子宫内膜间质侵入到子宫肌层。之所以会有子宫内膜腺体以及间质侵入到子宫肌层，考虑是由于多次人工流产或者子宫内膜炎，以及分娩性损伤等诸多因素，导致子宫内膜基底层受到一定损伤，子宫内膜以及腺体、间质，就有可能顺着损伤的通道侵入到子宫肌层。
在月经期时，子宫内膜将会出现剥脱性出血，侵入到子宫肌层的子宫内膜腺体以及间质也会出现出血，但是没有通道能流入宫腔，长时间就容易导致子宫肌层变厚，子宫肌壁也会逐渐僵硬。
伴随着子宫体积逐渐增大，子宫内膜表面积也会逐渐增大，就会出现月经量明显增多、经期延长，甚至还会由于子宫较大，能从腹部摸到明显增大的子宫，这种状态能导致比较严重的下腹部疼痛，甚至有可能还由于子宫体增大、子宫肌层僵硬、子宫内膜的相应变化而导致不孕症。
