肉毒素的副作用与其作用类似，仅作用部位不同。当肉毒素过量注射或者注射部位不完全精准，则可能由于弥散作用累及临近部位，产生副作用。当面部注射肉毒素可能造成面部不对称、眉毛不对称、上眼睑下垂，甚至视物重影等副作用；当斜颈注射肉毒素，则可能出现吞咽困难、构音障碍等副作用，注射剂量过大，甚至可能出现类似中毒的症状。