有滴虫性阴道炎通常建议口服用药，因为滴虫不仅存在于阴道内，在阴道的皱褶、尿道、尿道旁腺、前庭大腺，滴虫都可能会存在，造成隐匿性的感染。如果仅阴道用药，治疗不了其他部位的滴虫感染，所以滴虫性阴道炎推荐全身用药。
全身用药可以用甲硝唑，甲硝唑的治愈率达到90%-95%左右，也可以选择替硝唑，替硝唑治疗的治愈率达到86%-100%左右，对于一次性感染滴虫可以这样治疗。也推荐对于性伴侣的治疗，就是发现有滴虫性阴道炎的时候，患者的性伴侣也要治疗，而且在发现阴道炎之前的4周内，患者接触的性伴侣也建议进行治疗，因为互相传染的可能性比较大。
