牙周息肉治疗是根据髓室底穿孔位置大小而定，故治疗前需通过拍摄X光片，观察根分叉处髓室底影像是否联系，同时探查息肉来源位置后，根据髓室底破坏程度选择相应治疗方法。若穿孔较小，可采取NTA修补穿孔后，再对牙齿进行根管治疗，若穿孔较大，但牙周、牙体完整性较好，则可选择分根术，施行根管治疗将牙齿一分为二，治疗后再做冠修复。
若发现穿孔破坏较大，且根分叉处病变也较严重，则需拔除患牙。此类治疗方法疗效均不太确定，且费用非常高，治疗后还要定期观察，一旦发现病变加重，炎症未得到控制，则需拔除患牙。
总而言之，牙周膜息肉临床治疗较谨慎，若患者有意识选择保留牙齿，医生会试着去保留，但通常会建议拔除患牙。
