对于多年鼻窦炎是否可以根治，目前尚有一定争论，有人认为窦腔上皮化后即根治，有人认为窦腔虽然上皮化，但仍有再发鼻窦炎的可能，不能称为根治。对于多年的鼻窦炎，建议进行规范的药物治疗，通常疗程为12周左右，可以通过鼻用糖皮质激素、黏膜促排剂治疗，比如标准桃金娘油、桉柠蒎肠溶胶囊，以及大环内酯类口服药物。
进行上述规范治疗后，如果仍然无效，或者存在窦口鼻道复合体的机械性堵塞，此时建议行鼻窦内窥镜手术。如果鼻窦内窥镜手术后，鼻窦窦腔黏膜上皮化较好，称为临床治愈。但即使是临床治愈的鼻窦炎，也有一定复发的可能性，比如感冒、急性鼻炎未得到有效控制，可能再一次伴发鼻窦炎。
