病毒感染可以引起发烧，细菌感染也可以引起发烧，在临床上可能会表现出体温增高，发烧程度都有可能重、可能轻，如病毒感染可能很重，也可能是低烧。细菌性感染可以引起全身中毒症状，甚至感染中毒休克、脓毒症，也可以出现低烧，病毒性感染和细菌的感染在发烧方面的区别并不绝对。
有些患者细菌性发烧出现寒战情况更多见，特别是革兰氏阴性杆菌感染，可能会出现先发冷、寒战，再出现高烧。病毒性发烧可能寒战更少见。另外，病毒的发烧血象，特别是中性粒细胞不高。细菌性的感染血象会高，如白细胞，还有中性粒细胞会增加，临床上经常做的叫降钙素原，这个结果在细菌性感染中会高，病毒性感染不会太高。另外，要根据临床表现区分，病毒性感染有时可能会全身各个地方都受累，有发烧、咳嗽、拉肚子或者肝脏损害、尿液改变。但是，细菌性感染往往相对比较局限，如肺炎仅是肺部表现，泌尿系是泌尿系为主的感染症状，所以，从症状上和临床表现上会有不同，但是，细菌感染和病毒性感染，一定是大医院专科医生才能真正把它们区分开，甚至有些难以区分。