脑梗引起眼外肌麻痹主要还是针对脑梗的病因进行治疗，进行康复锻炼。脑梗的病因学治疗需要鉴别其是动脉粥样硬化性引起，还是心源性栓塞因素。如果是动脉粥样硬化所致，需要使用抗血小板类药物和他汀类药物，同时要积极控制导致动脉粥样硬化的危险因素，比如高血压、高血糖、高血脂，现在也有同型半胱氨酸的升高。如果是心源性栓塞而导致的类似症状，需要针对性给予抗凝治疗以及心脏症状的控制。
当然，如果是其它病因引起脑梗，也要针对病因进行相应的治疗。眼外肌麻痹会有视物成双、眼皮下垂等症状。在临床上早期进行眼球活动十分有效，比如上下左右使劲睁眼、闭眼等规律的运动，同时早期进行康复可以取得很好的效果。
