巧克力囊肿，实际上应当被称为卵巢子宫内膜异位囊肿，这是一种卵巢型的子宫内膜异位症。由于子宫内膜异位到了卵巢的位置，伴随着周期性排卵，周期性雌孕激素水平的分泌，卵巢位置的子宫内膜也会有相应的这些功能，也能够形成周期的剥脱性出血。

继而这些出血就能够积存在卵巢内部，越来越大形成囊肿，而里面的囊液随着水分被吸收会变得越来越浓稠。而且伴随着铁元素的析出，颜色将会越来越深，逐渐就会变成巧克力一样褐色的黏稠液体，所以才会被称为巧克力囊肿。

巧克力囊肿多发于生育年龄的女性，因此在手术的过程中通常都会选取进行囊肿剥除，而并不会直接选择进行卵巢切除。如果选择进行卵巢囊肿的剥除，会选取避开卵巢门的部位，选取巧克力囊肿表面皮质比较厚的地方进行切开，然后沿着巧克力囊肿壁以及正常卵巢壁之间的界限予以分离。

有可能在分离的过程中会发生巧克力囊肿的破裂，但通常没有关系，及时将这些溢出液予以清除，然后继续将完整的卵巢子宫内膜异位囊肿的囊肿壁完整剥除，之后利用电器械进行卵巢出血部位的止血，也可以应用缝针来进行缝合止血，通常缝合止血之后，手术过程也就全部结束。