院内感染常见的致病菌，具体有以下几种：

1、革兰氏阳性菌：比较常见的是耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌，即MRSA。MRSA可以引起全身多个部位感染、院内获得性肺炎，也可以引起血流感染，以及腹腔感染等。其他比较常见的有表皮葡萄球菌，一般常见于各种导管的插入，比如深静脉内置导管或者引流管，如导尿管。由于导管的插入破坏皮肤黏膜屏障，表皮葡萄球菌则容易感染。另外，球菌中屎肠球菌和粪肠球菌在院内感染中也可以见到，可以引起泌尿系、腹腔感染等，也可以引起脑膜炎；

2、革兰氏阴性菌：院内感染常见大肠杆菌、肺炎克雷白杆菌、阴沟肠杆菌、变形杆菌、摩根菌属等，这些细菌可以引起全身各个部位感染，也可以引起血流感染。另外，对于产生超广谱β-内酰胺酶的ESBLs阴性杆菌，比如大肠杆菌、肺炎克雷伯杆菌，以及阴沟肠杆菌，也是院内感染的致病菌；

3、非发酵菌：比如铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌、嗜麦芽窄食单胞菌、产碱杆菌等，也可以引起院内感染，而且常见于多重耐药菌的感染，常发生于重症ICU以及血液科的病房等。

另外，目前对于耐碳青霉烯类的CRE，即耐碳青霉烯的一些肠杆菌，比如肺炎克雷伯杆菌，在院内感染中现在发生的几率也越来越高。