甲胎蛋白作为一种重要的肿瘤标志物，目前主要用于原发性肝癌的筛查，以及确诊之后通过治疗来观察治疗的效果。
正常情况下，成人体内甲胎蛋白的水平比较低，在肝脏生长原发性肝癌之后，大多数的原发性肝癌患者会出现甲胎蛋白明显升高，甲胎蛋白升高水平和肿瘤有一定的相关性，越大、越晚期的肿瘤，甲胎蛋白数值越高。
通过外科手术或者其他的抗肿瘤治疗方法，将肿瘤从体内去除或者控制肿瘤的进展，甲胎蛋白可以逐渐下降，直至恢复正常。定期检查甲胎蛋白，也有助于早期发现肿瘤复发、转移的迹象。
如果甲胎蛋白持续不正常，则提示体内尚有肿瘤的残留。当然，甲胎蛋白的升高也不仅仅见于原发性肝癌，还可以见于其他的慢性肝病、生殖系统肿瘤，或者肝癌患者也可能表现为甲胎蛋白正常。
