小肚子针扎样的疼痛的原因包括肠功能紊乱、盆腔脏器病变、其他部位病变以及神经官能症等，具体如下：
1、肠功能紊乱：最常见，小肠收缩是3-5次/分有规律的收缩，肠功能紊乱时小肠收缩的节律改变。有时候能8-10次/分收缩引起针扎样的疼痛；
2、盆腔脏器病变：左半结肠、乙状结肠、直肠等病变、肿瘤或者炎症的时候会引起小肚子疼痛。直肠尤其是直肠炎、直肠肿瘤、直肠癌等都比较常见；
3、其他部位病变：男性前列腺、精囊腺有炎症，小肚子也会有针扎样疼痛。女性的子宫、卵巢、输卵管有病变，如子宫内膜癌、子宫腺肌病、子宫内膜异位症、子宫肌瘤、卵巢癌、卵巢囊肿等，也会引起小肚子的疼痛；
4、神经官能症：疾病检查没有明确病变，考虑神经性的神经官能症，也会感觉小肚子或者其他地方有针扎样的疼痛，属于精神方面。
