当发现胃肠道间质瘤，一般是通过胃镜、肠镜，还有腹部CT明确部位、性质，不同的部位，不同的地方，手术方式有所不同。但是对于能够切除的胃肠间质瘤，首选手术切除的方式。对于发现无法切除或者是有转移，或者是有周围重要组织脏器浸润的肿瘤，可以考虑口服靶向药物的治疗，使肿瘤达到缓解、缩小，再次考虑手术治疗。
因为胃肠道肿瘤早期比较隐匿，可能发现是通过常规的体检，通过不明原因的腹痛或者消化道出血、贫血做检查发现。所以对于可以切除的胃肠道肿瘤，首选手术治疗，对不能切除或者转移的胃肠道肿瘤，考虑药物的治疗。但是对于不能切除的肿瘤，如果出现肠梗阻，出现严重的消化道出血，这种情况下也可能需要急诊的手术，否则患者非常危险。
