扶他林软膏作为局部的外用软膏剂，副作用一般不大。在说明书中提到的不良反应是局部不良反应，而且强调一般是比较轻度，属于一过性不良反应。最常见的不良反应症状主要包括局部过敏反应或非过敏性皮炎，包括丘疹、皮肤发红，还有局部的刺痛、水肿、瘙痒以及伴有水泡、鳞屑等局部皮肤症状。
在扶他林软膏的说明书中，也提到了罕见但也非常严重的不良反应。如果出现罕见而严重的不良反应，需要立即停药，并且及时救治，包括水泡一样的皮疹，还有荨麻疹以及哮喘发作、气短、胸闷等，但需要注意不良反应症状，虽然相对较严重，但发生的概率很小，属于罕见的概率或非常罕见的概率。此外还有非常罕见的不良反应，即光敏反应，可以表现为用药以后皮肤晒伤伴有瘙痒等。如果出现罕见的不良反应，需要及时请医生进行处置。
