儿童甲状舌管囊肿手术是相对较小的手术，由于甲状舌管囊肿位于舌骨的下方、甲状软骨的上方，在中线处，此处并无重要的器官、血管、神经等解剖结构，所以手术不会造成较大风险。该项手术的风险是甲状舌管蒂部未完全切除干净，会导致囊肿反复发作以及囊液漏出。
由于手术在颈部进行，若囊肿不大，则切口与创伤均较小，但由于手术中需切掉部分舌骨，所以患者在术后吞咽时舌骨上下肌群活动会导致疼痛的出现，且疼痛会持续1周左右。因此，儿童甲状舌管囊肿手术不属于大手术，手术时间较短、出血较少且风险较小，关键是要切除干净，从而防止复发。
