肝上长囊肿通常不严重，因为多数肝囊肿较小，生长也较缓慢，属于单纯性肝囊肿。此类肝囊肿对于身体健康不会有明显影响，也不会影响肝脏功能，定期检查即可，通常是每0.5年做一次B超。
体积较大的肝囊肿，比如直径已达到10cm、囊肿向肝外生长，压迫周围内脏或重要血管、胆管，引起上腹胀，以及囊肿内部出血、合并感染，引起疼痛、发烧等症状，上述类型肝囊肿患者可考虑做外科手术进行肝囊肿开窗引流。
肝囊肿需与其他疾病进行鉴别，包括寄生虫病如肝包虫病、肝脏囊性肿瘤如囊腺瘤，以及先天性多囊肝，在临床当中经常遇见，通常较难治疗。较大囊肿可进行穿刺，做减压手术缓解症状。但多囊肝已经合并肝功能衰竭，建议做肝移植手术。
