孕期进行先天性心脏病的检查，如果超声仪器分辨率较高，并且超声医师的经验比较丰富，大部分心先天性心脏病均能够被发现，但并非所有的先天性心脏病均能够被发现。对于部分微小的心脏疾病，比如房间隔缺损，超声检查不一定能够将其完全检测出来。因为在胎儿时期两个心房之间的压力差较低，出现房间隔缺损，超声可能无法检测到穿隔血流，因此房间隔缺损可能会出现漏诊，而部分小室间隔缺损由于穿隔血流并不明显，亦可能被漏诊。
在全世界范围而言，即使选择最有经验的医师与最好的设备进行超声检查，依然有部分微小的心脏病变可能被漏诊，先天性心脏病的诊断率仅约为70%。大部分较明显的心脏结构异常均可被发现，但是不可完全寄希望于胎儿的心脏彩超检查，因为有部分胎儿会被漏诊，特别是体位不佳的胎儿出现漏诊的概率可能更高。
