生物制剂的适应证，是应用于难治性的或复发性的疾病，如风湿免疫科中的类风湿关节炎、系统性红斑狼疮等，而上述疾病目前并不能得到根本治愈，所以生物制剂治疗是通过抑制相关细胞因子，从而使病情得到缓解、控制，若停用生物制剂病情会反复。目前生物制剂主要是指针对体内部分细胞因子，或靶向药物的单抗类药物。
另外，以类风湿关节炎为例，一般在应用生物制剂时，同时也会合并应用慢作用的抗风湿药，比如甲氨蝶呤、来氟米特、柳氮磺吡啶等药物。上述药物与生物制剂配合应用，一方面能控制疾病发展，另一方面也可逐渐减少生物制剂用量，从而达到疾病缓解状态。系统性红斑狼疮的患者，在应用生物制剂时也会应用糖皮质激素或相关免疫抑制剂来控制狼疮病情活动。
