大部分霉菌鼻窦炎患者需要进行手术治疗，鼻窦内出现霉菌性炎症，通过药物或保守治疗，完全治愈的可能性较小。鼻窦位置较深且窦口较小，通过鼻子用药，药物基本不能到达鼻窦，可能只是开放鼻窦口，使鼻窦内的霉菌性分泌物排出。口服药治疗需经过胃肠道吸收入血，再到达全身组织，能够到达鼻窦黏膜的药量很少，治疗效果较差。
大部分霉菌鼻窦炎患者通过手术治疗后，可以开放鼻窦的窦口，使鼻窦内的分泌物排出，同时可以清除鼻窦内较严重的黏膜、组织，使局部的炎症得到良好控制。患者在术后还需进行定期随访，随时发现异常，随时解决异常。部分霉菌性鼻窦炎症较轻微的患者，也可以先进行保守治疗，保守治疗无效后再进行手术治疗。
