临床中超声内镜主要用于观察病变位置，判断肿瘤属于黏膜层、黏膜下层还是肌层。还可以查看恶性肿瘤的浸润范围、患者是否适合手术治疗，以及采用何种手术方式。

超声内镜可以将消化道疾病和消化道相邻器官的疾病进行判断，如胃肠道存在病变，可根据肠镜超声检查判断属于恶性或良性，恶性病变是否侵犯肠道，侵犯到何种地步以及有无出现转移等。