灼口综合征自然病程7-8年，因为没有客观的疾病，很重要的是局部对症治疗，如烧灼疼，可能给漱口水或局部治疗。要对患者讲清楚这是什么疾病，把疑心有病的地方讲清楚，让患者安心。如果有精神相关的因素，如焦虑、抑郁和疼痛等躯体症状，要做一些讲解，临床上还可以有药物治疗，没有非常针对性的治疗，常用的是针对精神因素的治疗，如疏肝解郁、维生素B2、维生素B1、维生素B12，主要是用维生素这类药物，有一定的神经调节作用的药物，没有副作用。
对于筛选出来确实有中重度抑郁的患者或焦虑的患者，建议到相关科室去就诊，如去精神心理科就诊，由精神科医生治疗，其实这种患者治疗效果比较好，疾病得到了有效控制之后，口腔症状也就随之消失了。如果没有这些症状，自然病程比较长，因为没有明确疾病，看不见明确疾病，也没有非常有效的药物，只能做一些调节。中医可能有一些调节方法，也可以选择。