舌下腺囊肿的治疗方法很多，患者可以根据不同的情况选择手术治疗、腔内注药、冷冻、激光、微波热凝或建立排液通道等方法。不同症状的治疗方法不同，因此需要进行合理选择。其中舌下腺切除术是较为公认的根治性治疗方法。
舌下腺切除术的主要并发症包括术中、术后出血，颌下腺导管损伤，舌神经、舌下神经损伤，创口裂开、伤口感染等。其中术中出血和颌下腺导管损伤最为常见，因为口底血供丰富，组织疏松，小血管断裂容易退缩，加之视野小，操作空间有限，因此不易止血。
若出现颌下腺导管损伤则应及时修补或改道，误扎可引起颌下腺肿胀，患者需要二次行开放手术。舌神经损伤可引起同侧舌尖麻木，舌下神经损伤可引起半侧舌的运动功能障碍，导致患者说话含糊不清。因此术中需要仔细解剖，对舌神经和舌下神经予以保护，舌下腺切除的后遗症主要是局部凹陷或局部疤痕。
