抗甲状腺过氧化物酶抗体一般在自身免疫性疾病时，可以出现升高。这是由于机体把甲状腺当作抗原，产生自身抗体。
血液检测可以发现甲状腺球蛋白抗体、微粒体抗体升高，一般提示机体发生自身免疫性疾病，常见疾病有桥本甲状腺炎、弥漫性甲状腺肿伴甲状腺功能亢进症、皮肌炎、斯蒂尔病、系统性红斑狼疮、类风湿关节炎等自身免疫性疾病。
如果是桥本甲状腺炎，出现上述抗体升高时，还可出现微粒体抗体升高。随着病变进展，淋巴细胞逐渐代替甲状腺组织，发生甲状腺功能减退症。
弥漫性甲状腺肿伴甲状腺功能亢进症也是自身免疫性疾病，也可出现抗体升高。但是此疾病抗体升高的程度，没有桥本甲状腺炎抗体升高幅度大。
所以还会出现一些相关临床症状和体征，如甲亢时出现高代谢症候群，桥本甲状腺炎最终发生甲状腺功能减退症。因此单纯抗体升高并不提示发生疾病，要根据其它临床症状、体征，来确定哪个腺体或者组织发生病变。
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