女性因尿路感染导致肉眼血尿，最重要治疗是给予抗生素治疗。通常可以根据尿培养以及药敏试验结果，选择合理抗生素治疗。临床以经验性的应用药物为主，目前推荐有磷霉素氨丁三醇、匹美西林、呋喃托因、喹诺酮类以及第二代和第三代头孢菌素。

对于下尿路感染，通常采用口服药物治疗，选择单剂疗法或者三日短程疗法就可以改善症状。同时结合缓解症状的药物，比如黄酮哌酯类的药物和M受体阻滞剂等联合处理。对于上尿路感染，由于全身症状比较重，应用抗生素时，推荐使用半合成青霉素、第三代头孢菌素、第三代喹诺酮类抗生素以及氨基糖苷类抗生素静脉注射。