单纯的门静脉癌栓会提示肝癌预后比较差，但肝癌是不是晚期，还要通过门脉癌栓的具体分型再定。根据日本肝癌协会所制定的肝癌分期，如果是早期，如0期或者1期的门静脉癌栓，只要通过手术一并切掉，术后的效果跟没有癌栓的肝细胞肝癌的病人相差不多。如果门静脉癌栓侵犯到二级分支或者一级分支，甚至侵犯到一级分支或者主干，术后的效果，以及手术的风险也会增加，做完手术之后的效果比较差。
如果术后的病理确实是门静脉癌栓，不是血栓，早期除了手术之外，也可以通过靶向或者免疫治疗，进行早期的阻断，降低再次复发或者转移的概率。虽然从医保政策上说，做手术的病人医保的报销比例比较低。但是对于临床医生来说，只要术后的病理或者术前的检查考虑门静脉癌栓，通常还是建议进行靶向和免疫治疗为主的早期干预，减少复发及转移的概率。
