先天性巨结肠手术是大手术，按照手术大小分类是Ⅳ类手术，肯定有危险。具体情况如下：

1、如果患儿是新生儿、疾病较重，肠梗阻严重，又有并发症，相当于病患有小肠结肠炎，有的患儿并发为肠穿孔、弥漫性腹膜炎，手术相对较危险。若巨结肠患儿便秘较严重，治疗时一时解除不了肠梗阻，有的患儿并发肠梗阻，出现肠穿孔、肠穿孔、腹膜炎，这种患儿就较危险。这时患儿只能先造瘘，度过危险期，改善营养状况后再做二期手术；

2、如果是普通患儿，小时候护理较好，在新生儿就可以有条件做手术，这种患儿没有出现并发症的情况下，手术较安全。