对于巨乳头性结膜炎，主要是针对病因进行治疗。本病是由于细菌、病毒感染，或者配戴隐形眼镜等所造成的过度变应反应所引起，临床上可以应用抗细菌、抗病毒的药物进行治疗。

对于变态反应敏感的患者，可以应用激素抑制超敏反应。但是在应用激素的过程中，应使用浓度较低的、副作用较小的激素。尤其是对于儿童，因为激素可能会造成患儿眼压升高，所以一定要在医生的指导下应用，且应避免长期使用。随时进行复查、监测眼压，避免发生不良的并发症。