一般情况下鼻咽部囊肿的手术不会使患者特别痛苦。鼻咽部囊肿手术通常是在全身麻醉下进行，使用麻醉后患者便会失去感觉和意识，如同进入睡眠，此时耳鼻喉医生才开始做手术。
手术时一般会通过内窥镜，局部使用麻药等方法或是使周围的黏膜收缩，减少局部的充血或炎症，而后通过手术将局部凸起的囊肿切除，切除后还要做止血处理。如果出血比较多，可能还需要做局部的压迫止血，甚至电凝止血。一般在止血后，局部不会做创面的缝合，也不会做填塞，如果鼻子中有出血，可以填塞些油纱条等。
术后患者在麻醉失效清醒后，局部会有点疼痛或有点吞咽痛。因为当患者进行吞咽时，鼻咽部的某些肌肉的活动会产生牵拉，从而产生吞咽痛。
一般此类疼痛，在术后的3-5天会逐渐好转。但需要注意的是，由于鼻咽部的囊肿容易复发，所以术后要进行定期随访，如果有复发的迹象尽早处理。
