胆管结石的手术治疗是进行胆管切开取石，或者是针对肝内胆管结石需要联合肝部分切除。胆管结石包括肝内胆管和肝外胆管结石，肝外胆管结石由于结石位于胆管的中下段，会引起胆汁排出不畅、胆道梗阻，继而合并细菌感染引起化脓性胆管炎，所以肝外胆管结石一经诊断，尽早外科手术治疗。
传统的是开腹，进行胆管切开取石。目前大多数胆管结石可以通过腹腔镜进行微创取石，在腹腔镜直视下将胆管切开，放入胆道镜，在胆道镜的观察之下，通过特殊的取石器械将结石取出，胆管结石取干净之后将胆管进行缝合，可以放置胆管内的引流管，也可以直接缝合。肝内胆管结石处理要更为复杂，由于肝内胆管结石可能会引起胆管的闭塞、肝脏周围的纤维化，甚至是肿瘤，所以必要时要进行联合胆管和周围肝脏的部分切除。
